FSC認證對木材運輸的要求側重「品質保護」與「追溯連貫」。運輸車輛需具備有效的檢驗合格證明，車廂內需鋪設防刮傷墊材（如橡膠墊或厚帆布），敞篷車輛必須配備防水防塵遮布，密閉車輛需安裝通風裝置。運輸前需對車輛進行安全檢查，重點確認制動系統、車廂密封狀態，避免運輸過程中發生木材損壞或污染。 裝載作業時，FSC認證木材需單獨裝載，不可與非認證貨物混裝，裝載高度不得超過車輛核定限高，木材之間需用緩衝材料隔離，防止碰撞刮傷。每批木材需張貼FSC認證專用標籤，標籤內容包括認證編號、批次號、出貨日期及收貨方資訊，運輸過程中需安排隨車人員定期檢查標籤完整性，若有脫落需即時補貼並記錄。某高雄木材貿易商導入運輸GPS追蹤系統，實時監控FSC認證木材運輸路線與狀態，順利通過客戶的不定期查核。